miRIP(miRNA in vivo precipitation)是一种新型的miRNA靶点鉴定方。通过靶向miRNA回收鉴定,针对具有明确目标的lncRNA,circRNA, Pseudogene等非编码基因或mRNA分子,利用探针回收技术及基于miRNA qRT PCR芯片的方法检测目标RNA分子上所结合的miRNA,鉴定靶向miRNA。客户只需提供研究的mRNA/lncRNA/circRNA等分子序列和细胞模型即可。
技术优势
1、无需软件预测,甚至能检测到软件预测所遗漏的靶miRNA ;
2、直接检测到细胞中miRNA和RNA的真实结合情况;
3、能够检测到细胞中miRNA和RNA结合的改变情况。
项目流程
注意事项
1、研究须有合适的细胞株;
2、研究的RNA 在细胞株中有比较高的表达;
3、仅限人、大小鼠物种细胞;
4、miRNA qRT-PCR检测范围包含184个热门研究的miRNA。
研究案例
来自第二军医大学、浙江大学医学院和中国医学科学院的研究人员报告称,他们采用一种体内方法鉴别出了计算机算法无法预测到的目标miRNA,证实在肝癌中miR-92a作为一种致癌miRNA抑制了抑癌基因p21的表达。这一重要的研究发现发布在《癌症研究》(Cancer Research)杂志上。
图一、采用p21探针亲和纯化p21 mRNA
A、 亲和纯化过程的示意图。 B、 p21 mRNA 上探针以及定量PCR 检测位点示意图。
C、 PCR 检测p21 探针对p21mRNA 的特异性回收效果。
D、 定量PCR 检测p21 探针的回收区域。 P: p21 探针; C: 对照探针。
图二、多条不能被预测到的miRNA 被鉴定靶向结合p21 mRNA A、 多条miRNA 被鉴定靶向结合p21 mRNA。 B、 PCR 验证p21 探针对三个亲合力最高的miRNA 的特异回收效果。 C、 靶向回收鉴定到结合p21 mRNA 的miRNA 几乎都不能被五种常用的预测软件(TargetScan, PicTar,PITA,miRanda
和 RNA22)预测到。 P: p21 探针; C: 对照探针。
参考文章 Su X,et,al. An In Vivo Method to Identify microRNA Targets Not Predicted by Computation Algorithms: p21 Targeting by miR-92a in Cancer. Cancer Research. 2015
Han, D., et al., Circular RNA MTO1 acts as the sponge ofmiR-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression. Hepatology, 2017.